学分银行目前下设综合办公室、标准研发部、认证受理部、业务拓展部以及应用研究中心五个业务部门。

综合办公室

日常事务管理的综合部门。主要负责部门相关管理制度的建立及完善；“学分银行”建设相关工作的综合协调与联络和宣传工作；部门内工作的质量监督与管理；部门信息化建设、管理与研究等工作。

标准研发部

学分银行的核心技术部门，集认证标准研究和认证标准制定指导于一体。主要负责根据标准认证的实际需求，审核、制定与发布标准的研发计划；指导行业、企业、学校等颁证机构研制认证标准；并组织专家对标准进行研讨、审定。

认证受理部

学分银行面向社会成员开展服务的窗口部门。主要负责学习成果认证服务体系的建设、管理、监管与指导，以及学习成果认证、积累与转换服务业务的咨询与指导工作。

业务拓展部

学分银行与社会各界开展业务合作的窗口部门，主要负责学习成果互认联盟、质量保证体系及项目管理工作。通过建设和发展学习成果互认联盟，发展合作伙伴，不断扩展学分银行在教育和人力资源管理领域的覆盖面和影响力；通过项目和产品的开发，不断丰富学习银行的产品种类和数量，更好地为学习者提供专业服务。

应用研究中心

研究学分银行及其应用的专门研究机构和提供相关政策咨询的智库。主要职责是学分银行及相关领域的应用研究、咨询服务、成果出版推广、学术交流和专业人员研修等。中心以创新、开放的机制，依托由国家开放大学学分银行，密切与政府、国际组织、研究机构及相关大学合作，按照“资源共享、优势互补、成果互利、长期合作”的原则联合共同建设。中心既是学分银行应用研究平台与工作平台，也是国内外学分银行相关学术交流与合作平台、相关研究人才研修与汇聚平台和提供相关咨询服务的智库。